工厂拖欠工资申请劳动仲裁时，以下特殊情况或例外情形可能影响处理：
1. 工厂经营困难暂无法支付，需与劳动者协商延期。若工厂因资金链断裂、订单锐减等面临严重困境，且主动协商并提出合理延期方案（如3个月内一次性支付）及经营证明，仲裁委可能先组织调解，以达成延期协议，影响裁决结果与进度。
2. 劳动者自身违纪致工资被扣。若工厂能提供合法有效的规章制度（明确违纪扣薪条款），且有考勤记录、处罚通知等证据证明您存在旷工、迟到早退等严重违纪行为，扣减工资可能被认定合法，您仲裁要求支付被扣部分工资可能不被支持。
3. 工厂进入破产程序。若您申请仲裁期间工厂因资不抵债进入破产清算，工资将作为破产债权清偿，受清偿顺序、破产财产数量影响，您可能无法全额追回欠薪，且处理流程更复杂漫长。
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工厂拖欠工资，您可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁维权，不同情况说明如下：
1. 明确欠薪金额与时间，如工厂连续3个月未支付每月5000元工资，仲裁时可清晰主张总额。
2. 工厂以经营困难为由拖欠工资但未协商一致延期，理由不合法，您仍有权申请仲裁要求支付。
3. 工厂称因您违纪扣减工资，但无法提供合法制度与违纪证据关联性证明，您可申请仲裁要求支付无故克扣的工资。
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工厂拖欠工资申请劳动仲裁时，需避免以下常见错误：
1. 忽视诉讼时效：劳动争议仲裁时效为一年，从欠薪发生之日起算。超过时效申请仲裁，可能因时效届满无法维权，导致欠薪难追回。
2. 证据收集不全或不规范：仅口头主张欠薪，却无劳动合同、工资条、银行流水等有效证据，或证据有瑕疵（如工资条无盖章、流水无法明确对应工资发放），可能因证据不足仲裁失败。
3. 拒绝协商直接仲裁：仲裁是有效途径，但协商可能更快捷。若直接拒绝沟通，可能延长解决时间、增加维权成本。
若不确定操作是否正确，或想了解如何避免错误，您可以咨询我为您提供解答。
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针对工厂拖欠工资申请劳动仲裁的问题，【解答内容】中的法律依据可直接支撑回复：
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”工厂作为用人单位，有义务按月足额支付工资，其拖欠行为直接违反该规定。同时，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条明确，因劳动报酬发生的争议属于劳动争议，适用本法。因此，您作为劳动者有权依据上述法律，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求工厂支付拖欠工资。

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